I geografi dell'Europa medievale situavano il paradiso alla foce del Gange; sebbene questa ipotesi possa sembrare oggi eccessivamente fiduciosa, si consideri che nel XVI secolo il Bengala era probabilmente la zona più ricca di tutto il subcontinente. La storia antica della regione testimonia un susseguirsi di imperi indiani, di disordini interni e di scontri fra buddhismo e hinduismo. Tutto questo non fu altro che il preludio a un'inarrestabile ondata di islam che travolse l'India settentrionale alla fine del XII secolo. Mohammed Bakhtiar, del Turkistan, occupò il Bengala nel 1199 con soli 20 uomini grazie a una misteriosa 'strategia di coraggio e intelligenza'.
Sotto i viceré moghul, l'arte e la letteratura fiorirono, il commercio con l'esterno aumentò considerevolmente e il Bengala si aprì al commercio marittimo mondiale, cosa, quest'ultima, che provocò il declino del potere moghul nel momento in cui gli europei iniziarono a stabilirsi nella regione. I portoghesi arrivarono già nel XV secolo, ma furono scacciati nel 1633 a causa dell'opposizione locale. Nel 1690, la Compagnia delle Indie Orientali concluse un accordo per fondare una stazione commerciale fortificata a Calcutta. Il declino del potere moghul portò una maggiore autonomia provinciale che preannunciò l'ascesa della dinastia indipendente dei nawabs del Bengala. Il modesto impiegato della Compagnia delle Indie Orientali, Robert Clive, finì con il governare il Bengala quando uno degli impetuosi nawabs attaccò la fiorente enclave britannica di Calcutta e rinchiuse gli sfortunati che non riuscirono a scappare in uno scantinato. Clive riprese possesso di Calcutta un anno dopo e il governo britannico vi riportò la Compagnia delle Indie Orientali dopo l'ammutinamento indiano del 1857.
Il Regno Unito creò una struttura sociale e organizzativa senza pari in Bengala e Calcutta divenne uno dei principali centri di commercio, istruzione e cultura del subcontinente. Tuttavia, molti storici del Bangladesh sostengono che la politica agricola dittatoriale degli inglesi e la promozione del sistema semifeudale dello zamindar abbiano privato la regione delle sue ricchezze e abbiano danneggiato il suo tessuto sociale. La presenza britannica fu motivo di sollievo per la minoranza hindu, ma costituì una catastrofe per i musulmani. Gli hindu collaboravano con gli inglesi, iscrivendosi alle loro istituzioni scolastiche e studiando la loro lingua, mentre i musulmani si rifiutavano di collaborare e fomentavano disordini ogni volta che i raccolti andavano male o che un altro prodotto locale diventava poco proficuo a casa della politica del governo.
Alla fine della seconda guerra mondiale era ormai evidente che il colonialismo europeo aveva fatto il suo corso e l'indipendenza dell'India era inevitabile. L'indipendenza fu raggiunta nel 1947, ma i contrasti erano forti e causavano divisioni, soprattutto in Bengala dove la guerra per ottenere un governo indipendente era resa ancora più complicata dalla presenza di un conflitto interno a carattere religioso. Gli inglesi, resisi conto che tra musulmani e hindu non era possibile raggiungere alcun accordo, decisero di dividere il subcontinente. Il fatto che il Bengala e il Punjab, le due regioni a prevalenza musulmana, si trovassero ai due lati opposti dell'India era solo uno dei fattori che rendevano difficile la realizzazione di questo progetto. La situazione era piuttosto complicata in Bengala, dove il prodotto agricolo più redditizio, la iuta, veniva coltivato nella zona orientale, a maggioranza musulmana, ma lavorato e esportato a Calcutta, nella zona occidentale, una città a maggioranza hindu.
Nonostante il forte scontento, la divisione della zona ebbe luogo e il Bengala Orientale divenne il piccolissimo stato del Pakistan Orientale. Era amministrato in maniera sfavorevole dal Pakistan Occidentale con il quale aveva ben poco in comune, fatta eccezione per il credo musulmano. Ben presto le disuguaglianze tra le due regioni diedero origine a una sorta di nazionalismo del Bengala del quale non si era tenuto conto durante i conflitti per l'indipendenza musulmana. Quando il governo del Pakistan dichiarò che "l'urdu e solo l'urdu" sarebbe stato la lingua nazionale, gli abitanti del Bengala che parlavano il bengali decisero che era giunto il momento di fare valere la loro identità culturale. Il progetto di reintrodurre la lingua bengali si trasformò ben presto in una lotta per l'indipendenza e quando la Lega Awami, un partito nazionalista, vinse le elezioni nazionali nel 1971, il presidente del Pakistan, trovandosi di fronte a un risultato inaccettabile, decise di rinviare l'apertura dell'Assemblea Nazionale. Nel Pakistan Orientale scoppiarono disordini e scioperi, lo stato indipendente del Bangladesh venne annunciato unilateralmente, e il Pakistan inviò delle truppe nella regione per placare la ribellione.
La guerra che seguì fu una delle più brevi e più sanguinarie dell'era moderna: l'esercito del Pakistan occupò tutte le principali città, usò il napalm contro i villaggi e uccise e violentò moltissima gente. Gli abitanti del Bangladesh definiscono i brutali attacchi del Pakistan come un tentativo di genocidio. Gli scontri al confine tra Pakistan e India aumentarono quando i gruppi di guerriglieri del Bangladesh, addestrati dagli indiani, oltrepassarono la frontiera. Quando l'aeronautica pakistana sferrò un attacco preventivo contro le forze indiane, scoppiò una guerra vera e propria. Le truppe indiane attraversarono la frontiera e l'esercito pakistano si trovò attaccato a est dall'esercito indiano, a nord e a est dai guerriglieri e da ogni direzione dalla popolazione civile. La guerra si concluse in soli 11 giorni e il Bangladesh, il 139° stato del mondo, iniziò a esistere ufficialmente. Lo sceicco Mujib, uno dei fondatori della Lega Awami, fu proclamato primo ministro nel gennaio del 1972. Fu assassinato nel 1975 durante un periodo di crisi.
Il nuovo paese, decimato e in rovina, sperimentò la carestia nel 1973-74, poi la legge marziale, diversi colpi di stato militari e assassinii a carattere politico. Nel 1979, il Bangladesh incominciò una breve esperienza democratica sotto la guida del popolarissimo presidente Zia che cominciò a stringere rapporti con l'Occidente e con i paesi islamici ricchi di petrolio. Il suo assassinio, nel 1981, restituì il paese a un governo militare che periodicamente faceva dei vaghi annunci dicendo che le elezioni si sarebbero tenute 'presto'. Questi annunci venivano accolti con entusiasmo dalla stampa locale come segno che il Bangladesh era effettivamente una democrazia, ma non successe nulla fino al 1991, anno in cui il dittatore militare Generale Ershad fu costretto a dimettersi a causa di un movimento popolare mai visto prima guidato dal Partito Nazionalista del Bangladesh e dalla Lega Awami.
Nel 1991 fu ristabilita la democrazia e Begum Khaled Zia fu proclamato primo ministro. L'economia procedeva a un tasso di crescita pari al 4,5% e i rapporti con l'Occidente vennero rafforzati quando il governo inviò le sue truppe in occasione della guerra del Golfo, durante l'invasione statunitense di Haiti e in Bosnia. Ciononostante, nel 1994 gran parte della popolazione del Bangladesh non era più entusiasta del governo di Zia. Malgrado le promesse elettorali, lo Special Power Acts del 1974, che autorizzava la detenzione senza accusa per 120 giorni, non era mai stato revocato. Si sosteneva che il governo avesse realizzato dei brogli elettorali in occasione delle elezioni straordinarie e la repressione militare e politica nei confronti dell'opposizione era in aumento. I partiti di opposizione proclamarono diversi scioperi generali e i burocrati incrociarono le braccia.
Nel febbraio del 1996 vennero indette le elezioni, ma un boicottaggio da parte dei partiti di opposizione, una percentuale di votanti pari al 5%, i sospetti di brogli e la repressione di coloro che si opponevano al governo fecero dubitare seriamente della legittimità del nuovo governo di Zia. I partiti di opposizione e i gruppi di attivisti protestarono seriamente contro le elezioni; il 30 marzo Zia diede le dimissioni e fu nominato un governo provvisorio guidato da Muhammad Habibur Rahman. Le nuove elezioni, questa volta giudicate libere e oneste, ebbero luogo in giugno e fu eletto un governo di coalizione guidato dallo sceicco Hasina Wazed della Lega Awami. A metà del 1998 il paese fu colpito da una serie di inondazioni devastanti: 50 dei 64 distretti del paese furono allagati, 755 persone morirono e circa un milione di persone rimasero senza casa.
Altre gravi inondazioni hanno sconvolto le regioni occidentali e sud-occidentali del paese nell'autunno del 2000.
Nell'ottobre del 2001 le elezioni politiche furono vinte dal Partito Nazionalista del Bangladesh (Bangladesh Nationalist Party) e Zia venne nuovamente nominato primo ministro.
Nel 2002 si sono avvicendati tre presidenti: A.Q.M. Badruddoza Chowdhury, Jamiruddin Sircar e infine, dal 6 settembre, Iajuddin Ahmed.
Rimane critica la tensione tra le minoranze etniche originarie del Chittagong Hill Tracts e i coloni insediati dal 1977 che, con l'appoggio dei militari e di falsi documenti di proprietà, hanno espropriato le terre appartenenti alle famiglie indigene. La regione ha sempre goduto di una certa autonomia politico-amministrativa ma gruppi tribali in rivolta reclamano tuttora la completa autonomia dal governo centrale.
La moschea Harzat Shahjalal di Sylhet, localita' santa nel nordest del paese, è stata colpita due volte nel 2004, a gennaio (3 morti) e il 21 maggio (50 feriti, tra i quali l'Alto commissario britannico in Bangladesh).
In Bangladesh sono state rilevate pericolose percentuali di arsenico nelle acque del sottosuolo. Con un programma dell'UNICEF erano stati realizzati tra i 3 e i 4 milioni di pozzi, ma l'arsenico depositato nel sottosuolo si è progressivamente infiltrato nell'acqua, e la Banca Mondiale stima che 35 milioni di persone siano a rischio di avvelenamento, con sintomi che variano da macchie e indurimenti sulla pelle sino al diabete e al cancro. L'arsenico è di norma presente nelle rocce e nei sedimenti geologici, ma è possibile che l'aumento dei pozzi scavati abbia peggiorato la situazione. L'UNICEF ha respinto quest'ultima ipotesi e ha lanciato una campagna di raccolta fondi per informare la popolazione invitandola a filtrare l'acqua dei pozzi e a raccogliere l'acqua piovana che non è a rischio arsenico. Per il 2003 è stato finanziato un piano pari a 40 milioni di dollari per monitorare i livelli dell'arsenico.
Il 2005 ha visto un aumento della tensione in Bangladesh. Il 27 gennaio Sha Kibria, uno dei leader storici del partito di opposizione, la Lega Awami (AL), è caduto vittima di un attentato durante un comizio politico. La sua morte è stata preceduta, il 21 agosto scorso, da un tentativo simile ai danni della compagna, l’ex primo ministro Sheikh Hasina, che tuttavia è scampata all'attentato. I due episodi ricordati sono solo quelli più clamorosi di un’ondata di violenza molto preoccupante, scatenata contro l’opposizione.